O Guaratinguetá Futebol Ltda foi fundado em 1º de outubro de 1998, com o nome de Guaratinguetá Esporte Clube. A fundação do clube se deu por um grupo de homens que só tinham um interesse: resgatar a tradição futebolística da cidade, que já havia sido lar da Associação Esportiva Guaratinguetá. Entre eles estava Mario Augusto Rodrigues Nunes, atual presidente honorário da agremiação.
No entanto, o primeiro time profissional só foi formado pouco mais de um ano após a fundação do clube, em 4 de novembro de 1999, com a assinatura de um contrato de co-gestão da CSR Futebol e Marketing, do empresário Carlos Arini e dos jogadores César Sampaio e Rivaldo. O clube foi projeto do primeiro clube-empresa da cidade de São Paulo e virou referência em termos de administração.
A ascenção do clube foi meteórica. No primeiro campeonato disputado em 2000 ficou em terceiro lugar mas no ano seguinte conseguiu o acesso à série B1 do paulista (hoje segunda divisão). Em seguida mais um acesso à série A3 em 2004. O clube conseguiu subir para a primeira divisão em 2007.
Em 2007 foi a grande sensação do paulistão. O Guará terminou em décimo lugar e conseguiu seu primeiro título: o de campeão do interior vencendo na final o Noroeste. Em 2008 foi primeiro colocado na primeira fase do paulistão mas caiu nas semifinais sendo eliminado pela Ponte Preta. Também fez uma campanha razoável na série C.
Nesse ano o Guaratinguetá foi alvo de empresários que venderam seus destaques para clubes da primeira divisão do Brasil e exterior. Em 2009 o clube não conseguiu se encontrar no campeonato e foi rebaixado à segunda divisão.
Juntando os cacos após o rebaixamento, o clube sofreu uma reformulação. Apenas cinco jogadores remanescentes do paulistão ficaram para a série C. Com contratações modestas vindo de divisões inferiores de São Paulo, o Guaratinguetá foi bem na preparação mas vem mal na terceirona. Perdeu a primeira de goleada para o Ituiutaba-MG e a cabeça do técnico Candinho Farias rolou. Contrataram então Vilson Tadei que conseguiu recuperar a Garça com uma goleada de 4x1 no Mixto. Este jogo foi marcado pela atuação desastrosa do juiz da partida que expulsou dois jogadores do time matogrossense. Logo em seguida, mais uma derrota fora de casa para o América-MG.
Este jogo é encarado pelos paulistas como decisão. Vilson Tadei resolveu mexer na equipe para tentar a recuperação no campeonato e a possível eliminação precoce. O lateral-direito Cristovam fará sua estreia no clube no lugar do Alekito. No meio-campo, Eduardo Pina entra na vaga de Carlos Alberto e César joga no lugar de Bele, suspenso. No ataque, Kleiton Domingues retorna ao time titular em lugar de Renato Santiago, que foi expulso no último jogo e cumpre suspensão automática.

MAIS DO GUARATINGUETÁ
NOME: Guaratinguetá Futebol Ltda.
MASCOTE: Garça do Vale
ESTÁDIO: Prof. Dario Rodrigues Leite com capacidade para 14.415 pessoas
POSIÇÃO BRASILEIRO ANO PASSADO: 12º
POSIÇÃO ESTADUAL: 17º (Rebaixado)
DESTAQUES: O veloz e habilidoso meia Nenê.
TIME BASE: César; Cristovam, Rafael Silva, Rocha e Paulo Henrique; Ricardo Oliveira, Eduardo Pina, César e Nenê; Kleiton Domingues e Laércio.
TÉCNICO: Vilson Tadei